Zanzibar suala la Muungano ndo jambo kubwa linalozungumzwa Visiwani. Muungano unajadiliwa mijini, vijijini na kwenye vitongoji Unguja na Pemba. Ukiwasikiliza wananchi wa huko utawasikia wanataka irejee Jamhuri ya Watu wa Zanzibar, ikiwa ni dola kamili iliyo huru ikiwa na funganisho na Tanganyika pamoja na nchi nyingine za eneo hili. Tofauti ya mahusiano yaliyopo sasa na hayo wayatakayo ni kwamba wangependelea huo mfumo mpya wa mahusiano ya kufungamana uwe wa mikataba na si wa Katiba.
Msimamo huo ni sehemu ya ile iitwayo Ajenda ya Zanzibar niliyowahi kuizungumzia miezi kadhaa iliyopita. Ni ajenda inayopigiwa debe na wengi wa Wazanzibari wakiwa pamoja na viongozi wao kutoka vyama tofauti vya kisiasa.
Wengi wao wanaamini kwamba kutokana na Hati za Muungano na mambo mengine yaliyoingizwa kuwa ni ya Muungano rais wao amepungukiwa na madaraka. Na si yeye tu bali pia na baraza lao la kutunga sheria (Baraza la Wawakilishi) na Mahakama yao. Mamlaka ya taasisi zote hizo tatu za Zanzibar, ambazo ni mihimili mikuu ya dola, yamepunguzwa katika kipindi cha miaka 47 ya Muungano.
Kilichotokea ni kwamba kwa muda wote huo unaokaribia nusu karne mamlaka au madaraka yote ya Zanzibar yaliyo muhimu yamehaulishwa Tanganyika. Ujanja ulitumika kulifanya Bunge la Tanganyika liwe Bunge la Muungano na kuigeuza Katiba ya Tanganyika iwe Katiba ya Muungano. Ujanja vilevile ulitumika kuifanya Serikali ya Muungano iwe ndiyo Serikali ya Tanganyika na ya Tanganyika iwe ya Muungano. Shughuli za Jamhuri ya Muungano ya Tanzania na za Jamhuri ya Tanganyika zimekuwa zikiendeshwa na Serikali moja.
Kwa upande mwingine, Zanzibar na Serikali yake hazina jukumu kubwa au la maana katika utawala na uongozi wa Muungano. Ingawa kwa mujibu wa Sheria za Kimataifa na kwa mujibu wa Hati za Muungano, Zanzibar na Tanganyika ni washirika wenye hadhi sawa ndani ya Muungano, mambo yanavyokwenda ni kwamba Zanzibar imewekwa kando.